Os que usam server MySQL, te dão a possibilidade de colocar / fazer coisas mais facilmente nos Sites. Ex: 
Posso fazer uma Loja de Cash, ou Criação de Contas no Site, com muita facilidade.
O que muitos NetPlay's sem MySQL não fazem com tanta facilidade.

P: Tá como assim?
R: Simplesmente o MySQL cria uma DB, o que permite uma liberdade muito grande para fazer Sites. Ou seja eu tenho uma Liberdade que muitos NetPlays sem MySQL não tem.

Se um netplay uutilizar um banco de dados MySQL pode ser feito diversos sistemas relacionados ao website do seu projeto, como por exemplo sistemas vips, adicionar itens pelo banco de dados e também é mais fácil a manipulação de dados e segurança porém desconheço um netplay atual que utiliza mysql bom pelo menos para o rpgmaker xp.

Com base no que eu estudei, a única diferença significativa seria a de que programadores (amadores) da web vão poder trabalhar mais fácil (pois não tem conhecimento suficiente pra utilizar uma conexão tcp/ip).
Quanto a proteção e velocidade, é possível obter o mesmo resultado com ou sem mysql, eu particularmente adoto MySql para serviços simples quando quem vai utilizar não tem grandes conhecimentos na área pois é simples e de fácil utilização, mas isso não quer dizer que seja melhor ou pior.

Resumindo em mysql e mais facil a manipulacao de dados mais nada q nao possa ser feito em servidores q nao usam o mysql...vai depender do seu conhecimento em programacao

Cara, como eu disse, da pra atingir o mesmo objetivo sem utilizar mysql.